Cinco años después, Kevin Brown (Tommy Lee Jones) vive una vida cotidiana y sin recordar que en algún momento hace años trabajó como hombre de negro. Mientras tanto el agente J (Will Smith) investiga un crimen rutinario y descubre al malvado monstruo Serleena (Lara Flynn Boyle), que tiene algo que ver con Kevin. Así será como J deba contar de nuevo con la ayuda de su antiguo compañero, pero hay un pequeño problema: él no recuerda nada y va a tener que contarle todo desde cero.
